調查結果
調查日期：2020/10/28
調查樣點：美人洞、漁埕尾、厚石裙礁
天氣：多雲
水溫：27-28度
能見度： 10米
底質調查結果顯示，三個地點的活珊瑚（硬珊瑚和軟珊瑚總和）覆蓋率為3.75-26.9%，美人洞5米處最高，厚石裙礁10米及漁埕尾5米最低，都只有3.75%。以國際標準分級，僅有美人洞5米屬於「一般」（活珊瑚覆蓋率25-50%）等級，其他都屬於「不佳」（活珊瑚覆蓋率<25%）。
自2016強颱莫蘭蒂侵襲前，2015年的調查顯示，厚石群礁5米及10米處活珊瑚覆蓋度分別為63.75%及39.375%，漁埕尾10米處也有13.75%。2016年11月的調查顯示颱風對這三處的珊瑚造成極大損害（2016小琉球珊瑚礁體檢成果報告），自此活珊瑚覆蓋率一直偏低。而今年度厚石群礁5米處的活珊瑚覆蓋率從去年的3.125%提升至18.75%，因珊瑚生長速度較為緩慢，故可能是因為底質分佈不均勻，是否真是當地珊瑚礁正在復原的結果，仍需持續關注才得以確認。
今年台灣海水溫度普遍較高，各處海域都傳出珊瑚大規模白化的現象。此次也記錄到美人洞5米及10米處分別有23.26%及16.67%的硬珊瑚白化，漁埕尾10米處有42.85%的軟珊瑚白化，對於正在從莫蘭蒂颱風復原中的珊瑚礁生態無疑是雪上加霜。而小琉球的珊瑚能否從這幾次的環境衝擊中復原，需透過持續的定期監測以追蹤了解。
指標性魚類調查結果顯示，三個地點都記錄到蝶魚，族群密度是0.5-17隻/100m2，最高是美人洞5米，最低是漁埕尾5米。鸚哥魚則是在美人洞及漁埕尾10米都有記錄，族群密度為0.25-2.75隻/100m2，最高是美人洞5米。厚石裙礁及漁埕尾5米，還有美人洞都記錄到少量的笛鯛，族群密度為0.25-1隻/100m2。其他還零星記錄石鱸及裸胸鯙。
美人洞是三個地點中記錄到最多魚種的地點，而硬珊瑚覆蓋率也是三個地點中最高的，可能係因珊瑚能提供較多覓食及躲藏空間，因此記錄到蝶魚、石鱸、笛鯛、鸚哥魚及裸胸鯙，且族群密度亦較其他地點高。
指標性無脊椎動物部分，三個地點都有記錄到魔鬼海膽，其中厚石裙礁10米處的族群密度相當高，為42.5隻/100m2，去（2019）年該處族群密度66.5隻/100 m2也是高居三處之冠；此處魔鬼海膽數量明顯高於其他區域，可能係因當地生態缺乏其天敵或是食物來源（例如：藻類）較多。其他地點魔鬼海膽的族群密度則介於4.25-9.5隻/100m2，最低是美人洞5米處。
美人洞5米及漁埕尾皆記錄到硨磲貝，族群密度介於0.25-1隻/100 m2，且個體長度皆小於20公分。硨磲貝族群密度以漁埕尾5米處最高，該處也記錄到龍蝦，族群密度0.25隻/100 m2。美人洞5米記錄到清潔蝦，族群密度1隻/100 m2。調查過程中時常能目擊到海龜，雖然在於珊瑚礁體檢調查法中中被列為「罕見」動物，然而在暱稱「龜島」的小琉球卻屬於「常見」生物。
