離島珊瑚覆蓋率普遍表現優
調查結果顯示，綠島三個調查點深及淺處（龜灣、柴口浮潛保護區及石朗）平均活珊瑚覆蓋率在 51.6%到 80.9%之間，是調查區域中覆蓋率最高的。蘭嶼三個調查點（玉女岩、母雞岩、朗島）深淺處平均活珊瑚覆蓋率分別是63.1%、65.3%及55%。小琉球三個調查點，包含美人洞、漁埕尾、厚石裙礁，活珊瑚覆蓋率則在 25.6 到 51.6％之間。
澎湖東嶼坪南側活珊瑚覆蓋率有 51.9%，東嶼坪西側有53.1%，西嶼北側則略微較低，僅有28.8%。 而今年 8 月強颱蘇迪勒侵襲台灣，也在澎湖離島海下留下痕跡。調查志工分別在東嶼坪西側和西嶼坪北側觀察到許多軸孔珊瑚和表孔珊瑚的斷枝殘片，由此可見蘇迪勒颱風衝擊澎湖群島珊瑚礁的威力。
國際標準是超過50％的覆蓋率屬於優良，超過75%為極優，以此標準來看，離島多處地點的活珊瑚覆蓋率都是屬於優良等級。
東北角、北海岸覆蓋率一般
東北角和北海岸四個地點的活珊瑚覆蓋率在 17.5%到 44.4%之間，番仔澳深處最差，野柳淺處活珊瑚覆蓋率最高。活珊瑚覆蓋率 25%以下為「不佳」，而這些表現「不佳」的地方，主要集中在東北角的龍洞灣和美國小和番仔澳。
東北角和北海岸因為海水溫度較低，且海下透光度也不佳，人為活動干擾又較多，因此條件較不利於珊瑚發育。活珊瑚覆蓋率最高的野柳，則可能是因為位於野柳地質公園範圍內，在水深20米內的海域活動都受到一定程度的管制，在減少人為活動干擾下，珊瑚相對生長地較好。
先天體質優，後天條件不佳
台灣大多數珊瑚礁區的活珊瑚覆蓋率屬於「一般」等級，此外，28個樣點中，10條穿越線屬於「優良」，2條屬於「極優」，顯見台灣環境之得天獨厚，有利於珊瑚生長。而發育良好的珊瑚，可提供海洋生物棲息和避敵的空間、食物來源、育幼場所，然而台灣珊瑚礁多半位於近岸海域，非常容易受到人類活動、開發等事件影響和干擾。
過漁威脅不減，亟需保育措施
根據中研院研究團隊發表的〈台灣北部核電廠撞擊魚類群落的長期監測〉，分析過去30年來北海岸的魚類監測資料，發現北部海域的魚類群聚每15年就減少一半魚種。
而珊瑚礁體檢結果，也顯現魚類和無脊椎動物族群密度符合這樣的趨勢，而且狀況恐怕不止限於北海岸。調查結果顯示，不論是在本島或離島，指標性魚類與無脊椎動物的物種數和族群密度都相當稀少甚至缺乏，水下調查過程中又時常可見廢棄漁網纏繞在礁盤或珊瑚上，顯示台灣各珊瑚礁區海域遭受嚴重過漁。這不僅是珊瑚礁生態系的食物鏈失衡的警訊，對觀光、漁業，甚至潛水人員的安危都是極大威脅。
如果政府機關能立即採行相關保護及保育措施，還是有機會讓台灣海洋恢復往昔生機，而這些復育措施包含：保護區的劃設、海洋遊憩區的承載量限制、沿岸開發的限制、觀光區汙水排放的管制、濱海垃圾妥善處理等。
2015年台灣珊瑚礁體檢由本會主辦，東部海岸國家風景區管理處、社團法人台北市野鳥會關渡自然公園共同主辦，內政部營建署城鄉發展分署協辦，並由台灣滙豐（商業）銀行股份有限公司贊助，而今年度調查結果也已公開在網路上供大眾查詢。
2015台灣珊瑚礁體檢成果報告 from 台灣珊瑚礁體檢
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