全台活珊瑚覆蓋率表現一般或優良
東北角/北海岸四個個調查點的活珊瑚覆蓋率在 12%到 38%之間，鼻頭角最差，和美淺處活珊瑚覆蓋率最高。台東基翬活珊瑚覆蓋率 41%。澎湖東嶼坪分別在島上二個方位調查，西側活珊瑚覆蓋率有 54%，東側有 57%。綠島三個調查點(將軍岩、公館鼻及柴口浮潛保護區)活珊瑚覆蓋率在 44%到 61%之間。蘭嶼三個調查點(軍艦岩、雙獅岩及土地公廟前的活珊瑚覆蓋率在 8%到 81%之間，土地公廟前淺處最低，軍艦岩深處最高。小琉球漁福港外側、活珊瑚覆蓋率在 41%到 49%之間。
魚類、無脊椎動物缺席令人憂心
指標性魚種與經濟性無脊椎動物數量稀少甚至缺乏，水下調查過程中又時常可見廢棄魚網纏繞在礁盤或珊瑚上，顯見台灣各珊瑚礁區海域遭受嚴重過漁。這不僅對珊瑚礁生態系的食物鏈失衡的警訊，對觀光、漁業，甚至潛水人員的安危都是極大威脅。
