數據顯示，七尺門淺處及深處硬珊瑚覆蓋率分別為 14%及 10%，軟珊瑚覆蓋率將相對較高，分別有 39%及 37%，顯示此調查點群聚以軟珊瑚為優勢。岩石底質比例都不算太高，淺處僅有 17%，深處則為 36%。
值得注意的是，淺處的不固定底質(砂加上碎石)共有 28%，成因可能是因為前年蓮花及莫拉克颱風打斷珊瑚分枝，造成許多珊瑚碎片，形成許多碎石。指標性藻類在此調查點覆蓋率相當少，可能是因為島上居民人口稀少，因此鮮少有生活汙水排入，相對於台灣及澎湖本島較少發生有機質汙染。
指標性魚類部分，大型魚類不論是淺深處穿越線，都沒有發現蹤跡，僅發現鸚哥魚及裸胸鯙，七尺門深處蝶魚族群密度相當高，但是其他小型魚類如笛鯛等都沒有發現。東嶼坪島上居民人數極少，理應打魚衝擊相對其他地方應該較低，但是根據島上居民陳述，由於澎湖群島居民多以打魚為生，因此鄰近島嶼居民如七美嶼、將軍嶼，甚至高雄、中國都會有漁船至附近海域進行漁撈作業，因此東嶼坪魚群也正遭受過漁威脅。
高經濟價值的無脊椎動物如龍蝦及大法螺等沒有發現其蹤跡，僅記錄到海參，海參組成以蕩皮參和黑海參為主，並沒有發現梅花參、方柱參或紅腹黑海參，近年來中國及香港地區為滿足海鮮市場，大力收購海參，澎湖本島在禁採令實施之前，蕩皮參及黑海參幾已被採捕殆盡，此次調查結果顯示，東嶼坪似乎還沒有受到影響，但其他經濟性物種還是沒有發現蹤跡。
