底質調查結果顯示，硬珊瑚覆蓋率介於 30-50%，覆蓋率最高處在將軍岩淺處記錄到，而覆蓋率最低處在柴口深處記錄到。軟珊瑚覆蓋率在 4-10%之間，最高為將軍岩淺處的10%，最低為將軍岩深處的 4%。三個調查地點的活珊瑚覆蓋率都超過 30%，且三個地點淺處的穿越線已超過 50%，以國際珊瑚礁體檢基金會所提出的標準來說，已屬「優質」的健康狀態，而深處的珊瑚礁健康狀態則屬「尚可」。
而指標性藻類覆蓋率部分，僅有公館淺處及柴口淺處較值得注意，分別為 9%及 10%，這是因為這兩個地點離人類聚落較近，且聚落內民宿數量極多，因此常有大量生活汙水排入海中，此外，同時也有其他民宿陸續興建中，沿岸開發不斷，也造成表土易流失，因此大雨過後，公館港外海域常是一片黃濁。將軍岩臨近僅有一座廢棄監獄，相較於其他地點，受到的生活汙水及沿岸開發影響較小。
綠島自 2005 年年底發現黑海綿橫行後，2007 年起，始有學者專家開始進行黑海綿相關研究。此次綠島珊瑚體檢也在三個調查點六條穿越線上發現輕重程度不一的黑海綿感染狀況，據科學指導員描述，柴口深水處感染情形頗為嚴重，下水後可觀察到東一塊、西一塊受感染的珊瑚個體，且感染面積都相當大。其他穿越線則是零星分布，尤其是鄰近較少人為活動的將軍岩，也在淺處穿越線發現有黑海綿感染現象，只是感染個體較其他地點少，感染面積也較小。但由於作業困難，且疾病感染面積僅倚賴科學指導員計算，因此目前此一部分尚缺少量化資料，未來值得持續關注。
指標性魚類部分，綠島的三個調查點六條穿越線上都記錄到不少蝶魚，尤其公館淺處的族群密度到 9.25 隻/每 100 平方公尺。然而其他魚類，如：笛鯛、石鱸、鸚哥魚及裸胸鯙僅零星記錄到，且並不是每個地點都有發現，大型魚種或食物鏈較高階，如蘇眉、石斑等，並沒有發現其蹤跡。具當地志工陳述，當地打魚及釣魚人口眾多，且進行底質調查時，時常發現珊瑚上面纏繞廢棄漁網，即便綠島周邊海域劃設有數個保護區，但因為缺乏執行的人力/器材，因此顯然設置保護區的效果不彰，綠島海域依舊遭受過漁的威脅。
指標性無脊椎動物部分，魔鬼海膽在三個調查地點六條穿越線上皆有記錄到，其中柴口深處族群密度最高，為 8.25 隻/每 100 平方公尺。然而，其他具有高經濟價值的物種僅有鉛筆海膽及硨磲貝有零星記錄，且硨磲貝個體大小多集中在 20 公分以下，硨磲貝族群數量已達健康珊瑚礁的>0.1 隻的標準，為個體都偏小，顯見綠島的硨磲貝族群有恢復的潛力，但需要一些時間讓小個體長到最小性成熟體長，才能有繁衍下一代的能力。
