底質調查結果顯示，硬珊瑚覆蓋率南礁及中礁分別為39%及9%；軟珊瑚覆蓋率分別為南礁2%及中礁6%；活珊瑚覆蓋率皆超過30%，顯示當地珊瑚礁狀態處於「尚可」。底質主要組成依舊以岩石為主，分別為南礁49%及中礁31%；另外，值得注意的是，中礁的砂覆蓋率達24%。
指標性魚類部分，不僅沒有記錄到任何大型魚種，即便連小型魚類的蝶魚數量都相當稀少，一方面可能與當天水下濁度太高，導致機動性高的魚類記錄不易，一方面還是可能因為當地魚類資源利用方式不當，過度採捕所導致。
指標性無脊椎動物部分，高經濟價值的無脊椎動物，如：大法螺、龍蝦等，並無發現其蹤跡，僅記錄到數量相當稀少的馬糞海膽及硨磲貝，且硨磲貝的個體不到10 公分大小，未達最小性成熟體長，顯見當地硨磲貝族群自身繁衍的能力相當低落。此外，非經濟性物種的魔鬼海膽族群密度頗高，約為7 隻/每100 平方公尺，顯見當地底質可能有許多藻類附生，導致以藻類為食的魔鬼海膽增加。
