數據結果顯示，蛤板灣及美人洞底質組成以岩石為主，四條穿越線覆蓋率高達 70%以上，硬珊瑚覆蓋率除美人洞深處穿越線外，其餘都不到 10%，軟珊瑚覆蓋率也都很低，僅有 0-1%。
根據科學指導員觀察，這兩個地點的珊瑚體型都相當小，珊瑚立體結構非常缺乏，大多是平坦的珊瑚礁岩盤。
根據當地志工口述，數十年前小琉球當地業者為滿足觀光客需求，經常至水下敲下整株石珊瑚後，經漂白曬乾後製，販賣給觀光客。此外，近幾年在美人洞附近興起箱網養殖，殘餌及大量養殖魚的排泄等，也對鄰近海域形成有機質汙染，另外，港口擴建可能也對周邊海域形成干擾。種種因素加總起來，可能是導致這兩地硬珊瑚覆蓋率這麼低的原因。厚石群礁硬珊瑚覆蓋率則較其他調查地點高，淺深處分別有 39%及 24%。此外，蛤板灣淺處藻類覆蓋率為 14%，顯示水體中可能有過高有機營養鹽汙染，藻類是否會進一步對於當地珊瑚造成威脅，值得進一步追蹤。
指標性魚類部分，美人洞深處及厚石群礁記錄到 3-4.25 隻/每 100 平方公尺的蝶魚，但其餘地點則數量較少，此外蛤板灣深處及厚石群礁深處還記錄到笛鯛，美人洞淺處則記錄到相當少量的石鱸(0.25 隻/每 100 平方公尺)。大型魚類如蘇眉、隆頭鸚哥及大體型的石斑等等都沒有發現，僅在美人洞深處及厚石群礁記錄到鸚哥魚以及厚石群礁深處的裸胸鯙。
指標性無脊椎動物部分，具有經濟價值的物種僅在各穿越線零星記錄到櫻花蝦、馬糞海膽、梅花參及硨磲貝等，且硨磲貝個體都相當小，不足 20 公分。小琉球以往就業人口主要以從事漁業為主，近年為了供給日趨增多的上島遊客食用及收藏需求，因此周邊海域資源可能已被利用殆盡。
