調查地點：東嶼坪西側及南側
澎湖東嶼坪的珊瑚礁總體檢共有2個調查區域、共3次調查數據，根據底質調查，加總石珊瑚以及軟珊瑚的結果顯示此處的珊瑚礁覆蓋率為29.375%(西側3m)、33.75%(七尺門3m)、30.635%(七尺門6m)，三個調查點所佔比例最多的為岩石(48%~61%)，而西側海域的沙的分佈則明顯比南側多，除此之外以岩石為主的南面七尺門海域則有較多的軟珊瑚(約24%)；另外，調查時間為蓮花颱風和莫拉克颱風過後，因此調查期間也觀察多許多斷裂的珊瑚礁碎片。
活珊瑚覆蓋率
西側3米_29.375%
七尺門3米_33.75% / 七尺門6米_30.635%
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除了底質所顯示的珊瑚礁覆蓋率，東嶼坪的指標魚類以及指標無脊椎動物的調查皆有不錯的結果，在常見指標魚類-碟魚方面記錄到每20公尺平均5.75~12.5隻，並且在其他地點少見的鸚哥魚也記錄了每20公尺7.5~15隻；此處的指標無脊椎物種也有令人驚訝的結果，此處記錄到為數眾多的海參，最高數據出現在東嶼坪西側，平均每20m便記錄到138.5隻海參。
指標性魚類
指標性無脊椎動物
