調查結果經分析後得到以下結論：
1. 東北角四個調查點的活珊瑚覆蓋率在4.38%到49.06%之間，蕃仔澳深處最差，而野柳深處的活珊瑚覆蓋率則是最高，且龍洞淺處發現藻類爆發的現象。台東杉原因水下濁度太高，僅進行了南礁及中礁的調查，活珊瑚覆蓋率分別為41.25%及 35%。澎湖東嶼坪因天候不佳，僅在南邊七尺門進行調查，淺處及深處活珊瑚覆蓋率分別為 53.13%及 46.88%，東嶼坪居住人口僅不到 10 人，受到人為破壞較少，因此珊瑚礁狀態還算健康。綠島三個調查點(公館、柴口及將軍岩)活珊瑚覆蓋率在 35.63%到 59.38%之間，將軍岩深處及柴口深處最低，將軍岩淺處最高，且三個調查點都發現有黑海綿的肆虐，尤其以柴口深處感染狀況最嚴重。蘭嶼三個調查點(野銀灣、雙獅岩及玉女岩)的活珊瑚覆蓋率在 43.13%到 58.75%之間，雙獅岩深處最低，野銀灣淺處最高，蘭嶼由於人口稀少，因此珊瑚礁區也較少受到人為行動破壞。小琉球三個調查點(美人洞、蛤板灣及厚石群礁)活珊瑚覆蓋率在 6.25%到 39.38%之間，蛤板灣淺處最差，厚石群礁淺處最高，小琉球珊瑚礁狀態為各離島當中劣化最嚴重的區域。
小琉球珊瑚礁區劣化嚴重，大部分底質僅有藻類附著。
2. 以活珊瑚覆蓋率 25%以下為「劣化」的狀態來說，調查點中有龍洞淺處、鼻頭角、蕃仔澳深處、小琉球蛤板灣及美人洞的狀況最差，特別是小琉球，幾乎連 10%的覆蓋率都不到，此地珊瑚礁要靠本地生態系自身的恢復力也難以恢復原始狀態，如要成功復育，可能需要人為介入，以人工插枝的方式，進行復育。此外，其他地區都屬於「尚可」。離島地區，如綠島、蘭嶼，還可發現狀態「優良」的珊瑚礁。
圖為全台珊瑚礁活珊瑚覆蓋率(硬珊瑚+軟珊瑚)情形，上虛線代表50%界線，下虛線代表25%。覆蓋率超過50% 的珊瑚礁屬於優質珊瑚礁，25-50%的珊瑚礁屬於尚可，覆蓋率低於25%為劣化珊瑚礁。
3. 多年資料比較顯示，珊瑚礁的活珊瑚覆蓋率都有逐漸劣化的情形，只是各區的速度有快有慢。可能因素為沿岸人為開發、有機物或重金屬汙染、海洋遊憩活動的破壞等等。
4. 調查結果顯示指標性魚種與經濟性無脊椎動物數量稀少甚至缺乏，水下調查過程中又時常可見廢棄魚網纏繞在礁盤或珊瑚上，顯見台灣各珊瑚礁區海域已遭受嚴重過漁。這不僅對珊瑚礁生態系的食物鏈失衡的警訊，對觀光和漁業都是很大的衝擊。
圖為志工於水下清理廢棄魚網狀況
5. 台灣大多數珊瑚礁區的健康狀態屬於「尚可」，因此如立即進行保護及復育措施，還是很有機會恢復到「良好」。可行的復育措施有：保護區的劃設、海洋遊憩區的承載量限制、沿岸開發的限制、汙水排放的管制、減少垃圾量等等。
