底質調查結果顯示，硬珊瑚覆蓋率在 39 – 53%之間，最高在玉女岩淺處記錄到 53%，最低在雙獅岩深處記錄到 39%。軟珊瑚覆蓋率則介於 3-8%，最高為在野銀淺處記錄到的 10%，最低為雙獅岩淺處記錄到的 3%。三個地點的活珊瑚覆蓋率介於 42.5-54.38%，尤其野銀灣淺處及玉女岩三處活珊瑚覆蓋率超過50%，珊瑚礁健康狀態屬於「良好」，其餘地點則屬於「尚可」。此外，營養鹽指標藻類的覆蓋率都不高，介於 0 – 9%之間，可能是因為蘭嶼島上居住人口僅三千餘人，且觀光客人次又不如綠島多，因此附近海域中有機物質汙染的情況不嚴重。
指標性魚類部分，除了雙獅岩淺處部分外，其他地點蝶魚族群數量都超過 3 隻/每 100 平方公尺的數量，此外，有四條穿越線上記錄到笛鯛，尤其是玉女岩淺處笛鯛數量達到 7 隻/每100 平方公尺。大型魚類部分，僅零星記錄到鸚哥魚及裸胸鯙。其餘大型魚類如蘇眉、隆頭鸚哥等則沒有記錄到。調查數據顯示，除高經濟價值的魚種如石斑等沒有發現外，其於小型魚種數量可說是居全台之冠。可能原因為大多數當地達悟族人觀念依舊遵循祖先的傳統智慧在島嶼上生活，對於海洋資源的利用不過度捕撈，僅撈捕適量漁獲供生活所需。唯近年來，由於上島觀光人數增加，部分業者為因應觀光客需求，開始會大量捕撈，且台灣漁船也會至臨近海域進行漁撈作業，因此高經濟價值的大型魚類還是有過漁的現象。
指標性無脊椎動物部分，除硨磲貝各穿越線都有發現外，其他具經濟價值的物種如：鉛筆海膽、馬糞海膽及海參僅有零星記錄，且櫻花蝦、龍蝦及大法螺皆無發現，原因如前段所述，為滿足近年來日漸增多的上島遊客需求，部分業者會大量採集龍蝦等經濟物種以滿足遊客口腹之慾，甚至以此方式作為招攬顧客的賣點。硨磲貝雖各穿越線上皆有記錄到，但是數量不多，個體體型偏小，大多在 20 公分以下，顯示當地族群雖有復原之潛力，但是尚待這些小個體成長至一定大小，達到最小性成熟體長後，才有機會逐漸自我恢復。
