調查結果經分析後得到以下結論：
1. 東北角/北海岸五個調查點的活珊瑚覆蓋率在14%到58%之間，鼻頭角最差，野柳淺處活珊瑚覆蓋率最高，此外鼻頭角藻類覆蓋率最高。台東基翬活珊瑚覆蓋率在24-35%。台東杉原進行南礁及中礁的調查，活珊瑚覆蓋率分別為 50%及 28%。澎湖東嶼坪因天候不佳，選擇東嶼坪西側及西嶼坪北側進行調查，東嶼坪西側屬於海溝地形，因此活珊瑚覆蓋率約28%，而西嶼坪因居住人口稀少，受到人為破壞較少，活珊瑚覆蓋率有 41%。綠島三個調查點(大 白沙、石朗及龜灣)活珊瑚覆蓋率在 64%到 78%之間。蘭嶼三個調查點(母雞 岩、朗島淨水廠外及雙獅岩)的活珊瑚覆蓋率在20%到 62%之間，雙獅岩淺 處最低，母雞岩深處最高。小琉球三個調查點(漁福港外側、肚仔坪及厚石群礁)活珊瑚覆蓋率在 14%到 61%之間，肚仔坪淺處最差，漁福港外側深處最高。
2. 以活珊瑚覆蓋率 25%以下為「劣化」的狀態來說，調查點中有鼻頭角、番仔澳淺處、朗島淨水廠深處及雙獅岩淺處的狀況較差，鼻頭角活珊瑚覆蓋率最低，可能是因為東北角為台灣珊瑚礁分佈北界，而鼻頭角調查點又位於鼻頭港內，在天然環境較不理想及人為干擾存在下，覆蓋率較差。此外，其他地區都屬於「一般」，超過十個點屬於「優良」。
3. 調查結果顯示指標性魚種與經濟性無脊椎動物數量稀少甚至缺乏，水下調查過程中又時常可見廢棄魚網纏繞在礁盤或珊瑚上，顯見台灣各珊瑚礁區海域 已遭受嚴重過漁。這不僅對珊瑚礁生態系的食物鏈失衡的警訊，對觀光和漁 業都是很大的衝擊。
4. 台灣大多數珊瑚礁區的健康狀態屬於「尚可」，超過十個點屬於「優良」， 顯見台灣環境之得天獨厚，有利於珊瑚生長，因此如立即進行保護及復育措 施，還是有機會令我們的海洋恢復往昔生機。可行的復育措施有：保護區的劃設、海洋遊憩區的承載量限制、沿岸開發的限制、汙水排放的管制、減少垃圾量等等。
（關鍵字：珊瑚礁體檢、覆蓋率、過漁）
