想看懂體檢結果，先來看看怎麼做？
為了要掌握珊瑚礁健康狀況，「珊瑚礁體檢」因而誕生，最少每年一次的紀錄珊瑚覆蓋率、指標魚類及指標無脊椎動物的數量，並根據體檢結果採取最有效的保護措施。 「珊瑚礁體檢」的方法不但容易操作，資深潛水員即可上手。這個方法具有一致性、系統性、科學性，可作為制定保育計畫的參考。完整的珊瑚礁體檢操作包括三個部份：
1. 行前訓練
為了使志工順利進行水下調查，下水前科學指導員會進行1~1.5個小時的簡報課程，內容包括基礎珊瑚礁生態知識、「珊瑚礁體檢」緣起和目的、調查方式及水下安全須知。沒有完成課程的志工不得下水進行「珊瑚礁體檢」。
2. 水下操作
珊瑚礁體檢以「穿越線」（transect）調查法為基礎。每組編制包含科學指導員、佈線員、魚類、無脊椎動物及底質調查員。首先由佈線員下水打出浮力袋後拉出100公尺平行海岸的等深穿越線，其餘人員在浮力棒浮出水面後一同下水集結，依照科學指導員指示依序進行調查。原則上每一調查點須有淺(5米)、深(10米)兩個調查穿越線。 魚類及無脊椎的記錄方式為遵照國際通行的指標物種圖鑑，魚類共9種，無脊椎9種，而底質類別則也區分為10種。
3. 成果發表
調查員進行完水下調查後，科學指導員將帶領志工將紀錄板上的數據輸入至國際通用的「珊瑚礁體檢表格」，並藉由表格計算出珊瑚覆蓋率以及匯出相關圖表，經由科學指導員講解，確實了解每個數值反映出的珊瑚礁現況。
大致了解怎麼進行調查後，接著來看如何讀懂數據。
1. 指標魚類和指標無脊椎動物
這兩類的圖表，y軸單位為「隻數／100平方米」，也可解讀為此處的「族群密度」。
記錄到的物種種類越多，代表珊瑚礁區的生態功能健全，各種生物各司其職，也使該生態系具有良好的生態恢復力。
而各物種的數量則視狀況而定，並不一定高就是好，例如：棘冠海星數量暴增，將使該區珊瑚遭受浩劫。 而高經濟價值的物種如果數量低或甚至無，則可能代表遭受過漁威脅。
2. 底質
底質的分類共有10種，包含：硬珊瑚、軟珊瑚、藻類或岩石等。一般我們會較為關注此處的活珊瑚覆蓋率，即硬珊瑚和軟珊瑚覆蓋率的加總。根據珊瑚礁體檢基金會的標準，活珊瑚覆蓋率（硬珊瑚+軟珊瑚）在25%以下為「劣化」、「不佳」；25-50%為「一般」、「尚可」；50-75%為「優良」；75%以上為「極優」。然而，前述數值為理想狀態。有時候環境條件並不符合珊瑚的理想生長條件，因此活珊瑚覆蓋率的表現也不會太好，例如：東北角，因為全年當中有5-6個月的時間水溫較低，就不是那麼適合珊瑚。因此，請謹記前述數據為參考，真實情況還須視當地狀況做調整。
而有時其他項目的比例增高，極可能暗示我們此處珊瑚礁區正遭受擾動。例如：藻類覆蓋率過高，可能是海水中營養鹽濃度增加，而增加的原因又可區分為因四季變化的自然擾動，或是汙水排放導致人為擾動。藻類覆蓋率的升高將可能以最直接的空間競爭或過度發育（Overgrowth）等方式與珊瑚競爭。
簡而言之，同樣的圖表以不同角度闡釋，極可能產生數種截然不同的結果。然而讀者需切記，圖表僅代表某個時間點下該區的狀態，如要真正掌控該礁區的健康狀態，長期且頻繁的調查數據，才能提供較為嚴謹的結論。
