底質組成部分，石珊瑚覆蓋率介於4-43%，龍洞深處最高，蕃仔澳深處最低，軟珊瑚覆蓋率介於0-30%之間，野柳深處最高，鼻頭角及蕃仔澳淺水處則沒有記錄到軟珊瑚。
依照活珊瑚（應珊瑚加上軟珊瑚）覆蓋率來評斷，東北角整體情況可區為兩群，分別是龍洞淺處、鼻頭角及蕃仔澳深處的覆蓋率都低於25%，為「劣等」，其他區域則是屬於「尚可」。
岩石底質在四個地點還是佔據了相當比例的組成，最低龍洞淺處的23%，最高則在野柳深水處及鼻頭角深水處記錄到47%的覆蓋率。
各點活珊瑚覆蓋率相差許多，可能原因為東北角珊瑚礁是不連續的分布，且底質組成相當不均勻。另外，值得注意的是，龍洞淺處、鼻頭角水處及蕃仔澳都記錄到相當高覆蓋率的藻類，約在30-46%之間，顯示鄰近海域水體內有機營養鹽濃度可能有增高。
指標性魚類，各穿越線上多只發現小型魚類的蝶魚，族群密度大約在1-4 隻/每100 平方公尺；部份穿越線上還記錄到石鱸、笛鯛及老鼠斑等，但是數量卻相當稀少；大型魚種幾已絕跡。調查數據結果顯示東北角海域已受到嚴重過漁影響，導致魚類蹤跡稀少，即使有發現，個體也多以小個體為主，對於族群繁衍相當不利。
指標性無脊椎部分，高經濟價值性的物種都沒有發現，例如：食用海參及大法螺等；鉛筆海膽、馬糞海膽、龍蝦及硨磲貝僅零星發現且數量稀少；櫻花蝦在多數穿越線上都有發現；魔鬼海膽在各穿越線都有發現，且數量不少。數據結果顯示高經濟價值性無脊椎動物也已被採捕殆盡，而又發現為數不少的魔鬼海膽，顯示海域藻類覆蓋率可能有增高，因此導致以藻類為食的魔鬼海膽數量大增。
